滋賀郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 那波加神社 | 那波加神社 | 県社 | 滋賀県大津市苗鹿1丁目8-1 | |
| 那波加神社 | 那波加荒魂神社 | 県社 | 滋賀県大津市苗鹿1丁目8-1 | |
| 倭神社 | 倭神社 | 滋賀県大津市坂本1丁目8-31 | ||
| 倭神社 | 倭神社 | 滋賀県大津市滋賀里3丁目223 | ||
| 石坐神社 | 石坐神社 | 滋賀県大津市西の庄15-16 | ||
| 石坐神社 | 石坐神社（旧地） | 滋賀県大津市膳所池ノ内町 | ||
| 神田神社 | 神田神社 | 県社 | 滋賀県大津市真野4-7-2 | |
| 神田神社 | 神田神社 | 滋賀県大津市真野普門3-9 | ||
| 小野神社 | 天皇神社 | 滋賀県大津市和迩中146 | ||
| 小野神社 | 小野神社 | 郷社 | 滋賀県大津市小野1961 | 有 |
| 小野神社 | 小野道風神社 | 滋賀県大津市小野 | 有 | |
| 日吉神社 | 日吉大社 | 官幣大社 | 滋賀県大津市坂本本町5-1-1 | |
| 日吉神社 | 日吉大社（旧地） | 滋賀県大津市坂本本町 | ||
| 小椋神社 | 小椋神社 | 県社 | 滋賀県大津市仰木町4-38-55 | |
| 小椋神社 | 滝壺神社（小椋神社奥宮） | 滋賀県大津市仰木町 |
栗太郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 盧井神社 | 五百井神社 | 村社 | 滋賀県栗東市下戸山20 | |
| 盧井神社 | 山王社（五百井神社奥宮） | 滋賀県栗東市下戸山 | ||
| 意布伎神社 | 追来神社（大宝神社境内社） | 滋賀県栗東市綣7-5-5 | ||
| 意布伎神社 | 惣社神社 | 郷社 | 滋賀県草津市志那中町240 | |
| 意布伎神社 | 志那神社 | 滋賀県草津市志那町727 | ||
| 意布伎神社 | 三大神社 | 滋賀県草津市志那町309 | ||
| 意布伎神社 | 【廃絶】 | |||
| 小槻大社 | 小槻大社 | 郷社 | 滋賀県栗東市下戸山1200 | |
| 小槻神社 | 小槻神社 | 郷社 | 滋賀県草津市青地町873 | |
| 高野神社 | 高野神社 | 郷社 | 滋賀県栗東市高野726 | |
| 印岐志呂神社 | 印岐志呂神社 | 県社 | 滋賀県草津市片岡町245 | |
| 佐久奈度神社 | 佐久奈度神社 | 県社 | 滋賀県大津市大石中町56 | |
| 佐久奈度神社 | 佐久奈度神社（旧地） | 滋賀県大津市大石中町56 | ||
| 建部神社 | 建部大社 | 官幣大社 | 滋賀県大津市神領1丁目16-1 |
甲賀郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 矢川神社 | 矢川神社 | 郷社 | 滋賀県甲賀市甲南町森尻310 | |
| 水口神社 | 水口神社 | 県社 | 滋賀県甲賀市水口町宮の前3-14 | |
| 石部鹿塩上神社 | 吉姫神社 | 村社 | 滋賀県湖南市石部東8-4 | |
| 石部鹿塩上神社 | 吉姫神社（旧地） | 滋賀県湖南市石部東3-2 | ||
| 石部鹿塩上神社 | 吉御子神社 | 村社 | 滋賀県湖南市石部西1-14-11 | |
| 石部鹿塩上神社 | 上葦穂神社 | 滋賀県湖南市柑子袋 | ||
| 石部鹿塩上神社 | 柏木神社 | 滋賀県甲賀市水口町北脇189 | ||
| 川田神社 | 川田神社 | 県社 | 滋賀県甲賀市水口町北内貴490 | |
| 川田神社 | 川田神社 | 村社 | 滋賀県甲賀市土山町頓宮769 | |
| 川田神社 | 川田神社 | 滋賀県湖南市正福寺139 | ||
| 川田神社 | 瀧樹神社 | 郷社 | 滋賀県甲賀市土山町前野155 | |
| 飯道神社 | 飯道神社 | 村社 | 滋賀県甲賀市信楽町宮町7 | |
| 飯道神社 | 飯道神社（旧地） | 滋賀県甲賀市信楽町 | ||
| 飯道神社 | 飯道神社 | 村社 | 滋賀県湖南市針1009 | |
| 飯道神社 | 飯道神社（旧地） | 滋賀県湖南市針 | ||
| 川枯神社 | 八坂神社 | 滋賀県甲賀市水口町嵯峨1606 | ||
| 川枯神社 | 油日神社 | 滋賀県甲賀市甲賀町油日1042 | ||
| 川枯神社 | 岳神社（油日神社奥宮） | 滋賀県甲賀市甲賀町 |
野洲郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 御上神社 | 御上神社 | 官幣中社 | 滋賀県野洲市三上838 | |
| 御上神社 | 御上神社（奥宮） | 滋賀県野洲市三上 | ||
| 小津神社 | 小津神社 | 県社 | 滋賀県守山市杉江町495 | |
| 下新川神社 | 下新川神社 | 県社 | 滋賀県守山市幸津川町1356 | |
| 兵主神社 | 兵主大社 | 県社 | 滋賀県野洲市五条566 | |
| 比利多神社 | 比多利神社（二宮神社境内社） | 滋賀県野洲市西河原552 | ||
| 比利多神社 | 淺殿神社 | 滋賀県野洲市比留田693 | ||
| 上新川神社 | 新川神社 | 郷社 | 滋賀県野洲市野洲69 | |
| 上新川神社 | 新川神社 | 村社 | 滋賀県守山市立入町123 | |
| 上新川神社 | 新川神社（旧地） | 滋賀県守山市立入町 | ||
| 馬路石邊神社 | 馬路石邊神社 | 郷社 | 滋賀県守山市吉身4丁目4-1 | |
| 己尓乃神社 | 己尓乃神社（上社） | 村社 | 滋賀県守山市洲本町1607 | |
| 己尓乃神社 | 己尓乃神社（下社） | 村社 | 滋賀県守山市洲本町2322 |
蒲生郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 大島神社 | 大嶋奥津嶋神社 | 県社 | 滋賀県近江八幡市北津田町529 | |
| 大島神社 | 日牟禮八幡宮（大島神社旧地） | 県社 | 滋賀県近江八幡市宮内町257 | |
| 奥石神社 | 奥石神社 | 滋賀県近江八幡市安土町東老蘇1615 | ||
| 石部神社 | 石部神社 | 滋賀県蒲生郡竜王町七里831 | ||
| 石部神社 | 石部神社 | 滋賀県近江八幡市安土町下豊浦6222 | ||
| 大屋神社 | 大屋神社 | 県社 | 滋賀県蒲生郡日野町十禅師410 | |
| 比都佐神社 | 比都佐神社 | 県社 | 滋賀県蒲生郡日野町十禅師410 | |
| 比都佐神社 | 比都佐神社 | 滋賀県蒲生郡日野町別所26 | ||
| 長寸神社 | 長寸神社 | 村社 | 滋賀県蒲生郡日野町中之郷1565 | |
| 長寸神社 | 苗村神社 | 県社 | 滋賀県蒲生郡竜王町綾戸467 | |
| 沙沙貴神社 | 沙沙貴神社 | 県社 | 滋賀県近江八幡市安土町常楽寺1 | |
| 菅田神社 | 菅田神社 | 村社 | 滋賀県近江八幡市中小森町1207 | |
| 菅田神社 | 竹田神社 | 村社 | 滋賀県東近江市鋳物師町1020 | |
| 馬見岡神社 | 馬見岡神社 | 村社 | 滋賀県近江八幡市馬淵町476 | |
| 馬見岡神社 | 馬見岡綿向神社 | 県社 | 滋賀県蒲生郡日野町村井705 | |
| 馬見岡神社 | 大嵩神社（馬見岡綿向神社奥宮） | 滋賀県蒲生郡日野町 | ||
| 奥津島神社 | 大嶋奥津嶋神社 | 県社 | 滋賀県近江八幡市北津田町529 | |
| 奥津島神社 | 奥津島神社 | 滋賀県近江八幡市沖島町188 |
神崎郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 乎加神社 | 乎加神社 | 県社 | 滋賀県東近江市神郷9 | |
| 川桁神社 | 河桁御河辺神社 | 郷社 | 滋賀県東近江市神田町385 | |
| 川桁神社 | 大瀧神社 | 滋賀県犬上郡多賀町冨之尾1585 | ||
| 川桁神社 | 河瀬神社 | 滋賀県彦根市川瀬馬場町480-1 | ||
| 川桁神社 | 小幡神社 | 村社 | 滋賀県東近江市五個荘中町303 | |
| 川桁神社 | 川桁神社 | 滋賀県彦根市甲崎町139 | ||
| 川桁神社 | 河脇神社 | 滋賀県愛知郡愛荘町中宿205 |
愛智郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 軽野神社 | 軽野神社 | 郷社 | 滋賀県愛知郡愛荘町蚊野228 | |
| 軽野神社 | 軽野神社 | 県社 | 滋賀県愛知郡愛荘町岩倉123 | |
| 石部神社 | 石部神社 | 県社 | 滋賀県愛知郡愛荘町沓掛147 | |
| 石部神社 | 石部神社（旧地） | 滋賀県愛知郡愛荘町石橋 |
犬上郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 阿自岐神社 | 阿自岐神社 | 県社 | 滋賀県犬上郡豊郷町安食西663 | |
| 多何神社 | 多賀大社 | 官幣大社 | 滋賀県犬上郡多賀町多賀604 | |
| 多何神社 | 胡宮神社 | 県社 | 滋賀県犬上郡多賀町敏満寺47 | |
| 多何神社 | 調宮神社 | 滋賀県犬上郡多賀町栗栖242 | ||
| 多何神社 | 杉坂峠のスギ | 滋賀県犬上郡多賀町栗栖 | ||
| 日向神社 | 日向神社（多賀大社境内末社） | 滋賀県犬上郡多賀町多賀604 | ||
| 都惠神社 | 都恵神社 | 村社 | 滋賀県彦根市竹ヶ鼻町256 | |
| 都惠神社 | 千代神社 | 県社 | 滋賀県彦根市京町2丁目9-33 | |
| 山田神社 | 山田神社 | 滋賀県彦根市野田山町字山田 |
坂田郡式内社
淺井郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 塩津神社 | 塩津神社 | 郷社 | 滋賀県伊香郡西浅井町塩津浜547 | |
| 塩津神社 | 香取神社 | 村社 | 滋賀県伊香郡西浅井町塩津中332 | |
| 塩津神社 | 香取五神社 | 村社 | 滋賀県伊香郡西浅井町祝山288 | |
| 湯次神社 | 湯次神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市大路町785 | |
| 湯次神社 | 湯次神社 | 村社 | 滋賀県長浜市湯次町16 | |
| 波久奴神社 | 波久奴神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市高畑町296 | |
| 小江神社 | 小江神社 | 村社 | 滋賀県東浅井郡湖北町尾上72 | |
| 小江神社 | 小江神社 | 滋賀県東浅井郡湖北町東尾上207-2 | ||
| 小江神社 | 小江神社 | 滋賀県東浅井郡湖北町海老江249 | ||
| 下塩津神社 | 下塩津神社 | 村社 | 滋賀県伊香郡西浅井町集福寺455 | |
| 矢合神社 | 矢合神社 | 村社 | 滋賀県長浜市中野1427 | |
| 矢合神社 | 矢合神社 | 滋賀県伊香郡西浅井町岩熊733 | ||
| 矢合神社 | 八幡神社 | 滋賀県長浜市八島町519 | ||
| 岡本神社 | 岡本神社 | 村社 | 滋賀県長浜市小谷丁野町810 | |
| 岡本神社 | 五社神社 | 村社 | 滋賀県長浜市早崎町865 | |
| 岡本神社 | 鹿島神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市湖北町留目438 | |
| 岡本神社 | 岡高神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市北ノ郷町292 | |
| 片山神社 | 片山神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町片山103 | |
| 比伎多理神社 | 比伎多理神社 | 滋賀県長浜市湖北町今西586 | ||
| 比伎多理神社 | 南浜神社 | 村社 | 滋賀県長浜市南浜町1160 | |
| 比伎多理神社 | 平野神社 | 滋賀県長浜市尊勝寺町 | ||
| 比伎多理神社 | 鹿島神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市湖北町留目438 | |
| 麻蘇多神社 | 麻蘇多神社 | 村社 | 滋賀県長浜市益田町794 | |
| 上許曽神社 | 上許曽神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市高山町2 | |
| 上許曽神社 | 川道神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市川道町458 | |
| 大羽神社 | 日吉神社 | 村社 | 滋賀県長浜市大浜町289 | |
| 大羽神社 | 大羽神社 | 村社 | 滋賀県長浜市酢110 | |
| 都久夫須麻神社 | 都久夫須麻神社 | 県社 | 滋賀県長浜市早崎町 |
伊香郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 伊香具神社 | 伊香具神社 | 県社 | 滋賀県長浜市木之本町大音688 | |
| 乃彌神社 | （乎彌神社に合祀） | 滋賀県長浜市余呉町下余呉2055 | ||
| 神前神社 | 神前神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町石道984 | |
| 神前神社 | 神前神社（旧地） | 滋賀県長浜市木之本町高尾山神前谷 | ||
| 大沢神社 | 大沢神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町黒田1783 | |
| 天八百列神社 | 天八百列神社 | 滋賀県長浜市高月町熊野822 | ||
| 乎彌神社 | 大見神社 | 滋賀県長浜市木之本町大見753 | ||
| 乎彌神社 | 春日神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市高月町宇根425 | |
| 乎彌神社 | 乎彌神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町下余呉2053 | |
| 走落神社 | 走落神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町馬上1181 | |
| 足前神社 | 足前神社（北野神社境内社） | 滋賀県長浜市余呉町文室1091 | ||
| 足前神社 | 足前神社（旧地） | 滋賀県長浜市余呉町文室 | ||
| 久留弥多神社 | （売比多神社に合祀） | 滋賀県長浜市高月町東柳野1192 | ||
| 久留弥多神社 | 日吉神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町唐川1055 | |
| 比売多神社 | 売比多神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町東柳野1192 | |
| 比売多神社 | 売比多神社（旧地） | 滋賀県長浜市高月町東柳野 | ||
| 意波閇神社 | 意波閇神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町西阿閉278 | |
| 意波閇神社 | 意波閇神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町坂口290 | |
| 阿加穂神社 | 阿加穂神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町赤尾603 | |
| 桜市神社 | 【廃絶】 | |||
| 等波神社 | 等波神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町田部6-1 | |
| 横山神社 | 横山神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町横山297-1 | |
| 横山神社 | 横山神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町杉野413 | |
| 横山神社 | 横山神社（旧地）五銚子の滝 | 滋賀県長浜市木之本町 | ||
| 横山神社 | 横山神社（旧地）経の滝 | 滋賀県長浜市木之本町 | ||
| 多太神社 | （八幡神社に合祀） | 滋賀県長浜市余呉町東野 | ||
| 多太神社 | 春日神社跡地（旧地） | 滋賀県長浜市余呉町小原333 | ||
| 多太神社 | 【廃絶】 | |||
| 多太神社 | 乃伎多神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町東物部850 | |
| 兵主神社 | 兵主神社 | 滋賀県長浜市高月町横山 | ||
| 兵主神社 | 兵主神社 | 滋賀県長浜市湖北高田町203 | ||
| 赤見神社 | 赤見神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町磯野530 | |
| 波彌神社 | （八幡神社に合祀） | 滋賀県長浜市木之本町飯之浦511 | ||
| 桜椅神社 | 桜椅神社 | 滋賀県長浜市高月町東高田363-1 | ||
| 甘櫟前神社 | 甘櫟前神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町西阿閉1829 | |
| 佐味神社 | 佐味神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町今市339 | |
| 佐味神社 | 佐味神社 | 無格社 | 滋賀県長浜市高月町柏原47 | |
| 椿神社 | 椿神社 | 滋賀県長浜市木之本町小山62 | ||
| 椿神社 | （八幡神社に合祀） | 滋賀県長浜市余呉町椿坂132-1 | ||
| 椿神社 | 椿神社（旧地） | 滋賀県長浜市余呉町椿坂 | ||
| 佐波加刀神社 | 佐波加刀神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町川合1277 | |
| 伊香具坂神社 | 伊香具坂神社 | 滋賀県長浜市木之本町古橋 | ||
| 伊香具坂神社 | 伊香具坂神社（旧地） | 滋賀県長浜市木之本町 | ||
| 伊香具坂神社 | 伊香具坂神社 | 無格社 | 滋賀県長浜市高月町柏原774 | |
| 伊香具坂神社 | 伊香具坂神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町北布施3-6 | |
| 与志漏神社 | 与志漏神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市木之本町古橋1102 | |
| 布勢立石神社 | 布勢立石神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町赤尾793 | |
| 乃伎多神社 | 乃伎多神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町東阿閉1094 | |
| 乃伎多神社 | 乃伎多神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町東物部850 | |
| 石作神社 | 石作玉作神社 | 県社 | 滋賀県長浜市木之本町千田793 | |
| 石作神社 | 石作神社（旧地） | 滋賀県長浜市木之本町千田 | ||
| 玉作神社 | 石作玉作神社 | 県社 | 滋賀県長浜市木之本町千田793 | |
| 意富夫良神社 | 意富夫良神社 | 県社 | 滋賀県長浜市木之本町木之本488 | |
| 意富夫良神社 | 意富夫良神社（走落神社境内社） | 滋賀県長浜市高月町馬上1181 | ||
| 伊波太岐神社 | 伊波太岐神社 | 滋賀県長浜市木之本町古橋2 | ||
| 高野神社 | 高野神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町高野297 | |
| 鈆練日古神社 | 鉛練日古神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町中之郷108 | |
| 大椋神社 | 【廃絶】 | |||
| 黒田神社 | 黒田神社 | 村社 | 滋賀県長浜市木之本町黒田1697 | |
| 丹生神社 | 丹生神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町上丹生378 | |
| 丹生神社 | 丹生神社 | 滋賀県長浜市余呉町下丹生1087 | ||
| 丹生神社 | 丹生神社（旧地） | 滋賀県長浜市余呉町下丹生 | ||
| 神高槻神社 | 神高槻神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町高月1 | |
| 神高槻神社 | 森本神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町森本83 | |
| 天岩門別命神社 | 森本神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町森本83 | |
| 天比比岐命神社 | 天比比岐命神社 | 滋賀県長浜市高月町大字高野字丸山 | ||
| 草岡神社 | 草岡神社 | 郷社 | 滋賀県長浜市余呉町国安52 | |
| 意太神社 | 意太神社 | 滋賀県長浜市木之本町大音字大門山1495 | ||
| 大浴神社 | 大浴神社（太水別神社境内社） | 滋賀県長浜市余呉町池原603 | ||
| 大浴神社 | 大浴神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町重則118 | |
| 大浴神社 | 八幡神社 | 村社 | 滋賀県長浜市高月町西柳野473 | |
| 太水別神社 | 太水別神社 | 村社 | 滋賀県長浜市余呉町池原603 | |
| 太水別神社 | 水分神社 | 滋賀県長浜市木之本町川合1238 | ||
| 太水別神社 | 大表神社 | 滋賀県長浜市高月町柳野中48 | ||
| 太水別神社 | 鉛練日古神社奥宮 | 滋賀県長浜市余呉町中之郷 | ||
| 天川命神社 | 天川命神社 | 滋賀県長浜市高月町雨森1185 | ||
| 天川命神社 | 北野神社 | 滋賀県長浜市余呉町文室1091 |
高嶋郡式内社
| 神名帳社名 | 現在の社名 | 旧社格 | 現住所 | 御朱印 |
|---|---|---|---|---|
| 水尾神社 | 水尾神社 | 滋賀県高島市拜戸716 | ||
| 水尾神社 | 水尾神社（旧地） | 滋賀県高島市拜戸 | ||
| 阿志都彌神社 | 阿志都彌神社 | 郷社 | 滋賀県高島市今津町弘川1707-1 | |
| 阿志都彌神社 | 阿志都彌神社 | 滋賀県高島市安曇川町川島615-1 | ||
| 与呂伎神社 | 与呂伎神社 | 滋賀県高島市安曇川町青柳 | ||
| 与呂伎神社 | 日吉神社 | 滋賀県高島市安曇川町西万木783 | ||
| 与呂伎神社 | 今宮神社 | 滋賀県高島市安曇川町西万木 | ||
| 田部神社 | 田部神社（津野神社境内社） | 滋賀県高島市今津町北仰316-1 | ||
| 田部神社 | 田部神社（旧地） | 滋賀県高島市今津町日置前 | ||
| 田部神社 | 佐田神社 | 滋賀県高島市安曇川町田中2616 | ||
| 熊野神社 | 熊野神社 | 滋賀県高島市今津町藺生742 | ||
| 熊野神社 | 熊野神社 | 郷社 | 滋賀県高島市新旭町饗庭3363 | |
| 熊野神社 | 熊野神社 | 滋賀県高島市安曇川町上古賀1391 | ||
| 箕島神社 | 箕島神社 | 滋賀県高島市安曇川町三尾里558 | ||
| 大川神社 | 唐崎神社 | 村社 | 滋賀県高島市マキノ町知内924 | |
| 大川神社 | 大川神社（唐崎神社境内摂社） | 滋賀県高島市マキノ町知内924 | ||
| 大川神社 | 大川神社（大宮神社境内社） | 滋賀県高島市朽木中牧473 | ||
| 大川神社 | 大川神社（旧地） | 滋賀県高島市朽木生杉 | ||
| 大川神社 | 大川神社(市杵島神社境内社） | 滋賀県高島市朽木大野161 | ||
| 小野神社 | 小野神社（海津天神社境内社） | 郷社 | 滋賀県高島市マキノ町海津1253-2 | |
| 小野神社 | 小野神社（市杵島神社境内社） | 滋賀県高島市朽木大野161 | ||
| 麻知神社 | 日枝神社 | 村社 | 滋賀県高島市マキノ町蛭口1487-1 | |
| 麻知神社 | 五社神社 | 滋賀県高島市今津町福岡147 | ||
| 櫟原神社 | 櫟原神社 | 滋賀県高島市今津町桂626 | ||
| 櫟原神社 | 櫟神社 | 滋賀県高島市安曇川町南古賀558 | ||
| 大田神社 | 大田神社 | 村社 | 滋賀県高島市新旭町太田1468 | |
| 大田神社 | 太田神社 | 滋賀県高島市安曇川町青柳 | ||
| 大田神社 | 海津天神社 | 郷社 | 滋賀県高島市マキノ町海津1253-2 | |
| 鞆結神社 | 大荒比古神社鞆結神社 | 郷社 | 滋賀県高島市マキノ町浦627 | |
| 鞆結神社 | 八幡神社 | 滋賀県高島市マキノ町石庭577 | ||
| 鞆結神社 | 鞆結神社（若宮神社境内社） | 滋賀県高島市武曽横山1043-1 | ||
| 日置神社 | 日置神社 | 滋賀県高島市今津町酒波855 | ||
| 日置神社 | 酒波神社（大処神社境内社） | 滋賀県高島市マキノ町森西175 | ||
| 津野神社 | 津野神社 | 郷社 | 滋賀県高島市今津町北仰316-1 | |
| 津野神社 | 津野神社 | 滋賀県高島市今津町角川95 | ||
| 大荒比古神社 | 大荒比古神社鞆結神社 | 郷社 | 滋賀県高島市マキノ町浦627 | |
| 大荒比古神社 | 大荒比古神社 | 郷社 | 滋賀県高島市新旭町安井川844 | |
| 大前神社 | 大前神社（海津天神社境内社） | 郷社 | 滋賀県高島市マキノ町海津1253-2 | |
| 大前神社 | 大前神社（旧地） | 滋賀県高島市マキノ町海津 | ||
| 坂本神社 | 坂本神社 | 滋賀県高島市マキノ町上開田609-2 | ||
| 大処神社 | 大処神社 | 滋賀県高島市マキノ町森西175 | ||
| 麻希神社 | 山神社 | 滋賀県高島市マキノ町牧野625 | ||
| 弓削神社 | 弓削神社 | 村社 | 滋賀県高島市今津町梅原1054 | |
| 志呂志神社 | 志呂志神社 | 滋賀県高島市鴨2276 | ||
| 波尓布神社 | 波尓布神社 | 郷社 | 滋賀県高島市新旭町饗庭3363 | |
| 大水別神社 | 日枝大水別神社 | 村社 | 滋賀県高島市今津町今津14-2 | |
| 大水別神社 | 与呂伎神社 | 滋賀県高島市安曇川町青柳 | ||
| 大野神社 | 日吉神社 | 村社 | 滋賀県高島市マキノ町大沼178 | |
| 大野神社 | 日枝大水別神社 | 村社 | 滋賀県高島市今津町今津14-2 | |
| 大野神社 | 大野神社（市杵島神社境内社） | 滋賀県高島市朽木大野161 | ||
| 大野神社 | 大鍬神社（海津天神社境内社） | 滋賀県高島郡マキノ町海津1253-2 | ||
| 小海神社 | 小海神社 | 滋賀県高島市今津町南新保362 | ||
| 小海神社 | 白山神社跡地（旧地） | 滋賀県高島市今津町北生見215 | ||
| 小海神社 | 白山神社（阿志都彌神社境内社） | 郷社 | 滋賀県高島市今津町弘川1707-1 | |
| 小海神社 | 日枝神社 | 滋賀県高島市マキノ町中庄431 | ||
| 大寸神社 | 森神社 | 村社 | 滋賀県高島市新旭町旭1156 | |
| 荒椋神社 | 【廃絶】 | |||
| 三重生神社 | 三重生神社 | 滋賀県高島市安曇川町常盤木1239 | ||
| 槻神社 | 【廃絶】 | |||
| 長田神社 | 長田神社 | 滋賀県高島市永田1203 | ||
| 宇伎多神社 | 宇伎多神社 | 滋賀県高島市野田501 | ||
| 宇伎多神社 | 稲荷神社 | 滋賀県高島市安曇川町田中横井川 | ||
| 宇伎多神社 | 横林神社 | 滋賀県高島市武曽横山 |